Problemi installazione libreria rgdal ubuntu 20.04

[marta galluzzi]

Salve,

non sono molto esperta nell'uso di ubunto e sto cercando senza risultato di
installare al libreria rgdal in R. Ho formattato pochi giorni fa il mio PC
e installato Ubuntu 20.04.
Prima di installare il pacchetto in R ho installato i seguenti pacchetti
seguendo le indicazioni qui
<http://grasswiki.osgeo.org/wiki/Compile_and_Install_Ubuntu#Using_pre-compiled_dev_Packages_for_PROJ.4.2C_GEOS_and_GDAL>
riportate.
Continuo a ricevere lo stesso messaggio errore da R:

installing to
/home/marta/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/00LOCK-rgdal/00new/rgdal/libs
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
free(): invalid pointer
Aborted (core dumped)
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/marta/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/rgdal’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘rgdal’ had non-zero exit status

*Questi sono gli esiti dell'installazione delle librerie PROJ.4, GEOS e
GDAL:*

*~$ sudo apt-get install libproj-dev proj-data proj-bin*
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
Generazione albero delle dipendenze
Lettura informazioni sullo stato... Fatto
libproj-dev è già alla versione più recente (7.1.1-1~focal0).
proj-bin è già alla versione più recente (7.1.1-1~focal0).
proj-data è già alla versione più recente (7.1.1-1~focal0).
È stato impostato proj-data per l'installazione manuale.
0 aggiornati, 0 installati, 0 da rimuovere e 5 non aggiornati.
*~$ sudo apt-get install libgeos-dev*
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
Generazione albero delle dipendenze
Lettura informazioni sullo stato... Fatto
libgeos-dev è già alla versione più recente (3.8.1-1~focal0).
0 aggiornati, 0 installati, 0 da rimuovere e 5 non aggiornati.
*~$ sudo apt-get install libgdal-dev*
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
Generazione albero delle dipendenze
Lettura informazioni sullo stato... Fatto
Il seguente pacchetto è stato installato automaticamente e non è più
richiesto:
  libgdal26
Usare "sudo apt autoremove" per rimuoverlo.
I seguenti pacchetti saranno aggiornati:
  libgdal-dev
1 aggiornati, 0 installati, 0 da rimuovere e 4 non aggiornati.
È necessario scaricare 0 B/9.117 kB di archivi.
Dopo quest'operazione, verranno occupati 4.961 kB di spazio su disco.
(Lettura del database... 219728 file e directory attualmente installati.)
Preparativi per estrarre .../libgdal-dev_3.1.3+dfsg-1~focal0_amd64.deb...
Estrazione di libgdal-dev (3.1.3+dfsg-1~focal0) su (3.0.4+dfsg-1build3)...
Configurazione di libgdal-dev (3.1.3+dfsg-1~focal0)...
Elaborazione dei trigger per man-db (2.9.1-1)...
*~$ sudo apt-get install python-gdal gdal-bin*
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
Generazione albero delle dipendenze
Lettura informazioni sullo stato... Fatto
Il pacchetto python-gdal non ha versioni disponibili, ma è nominato da un
altro
pacchetto. Questo potrebbe indicare che il pacchetto è mancante, obsoleto
oppure è disponibile solo all'interno di un'altra sorgente
Tuttavia questi pacchetti lo sostituiscono:
  gdal-bin

E: Il pacchetto "python-gdal" non ha candidati da installare
*~$ sudo add-apt-repository ppa:imincik/gis*

 Maggiori informazioni: https://launchpad.net/~imincik/+archive/ubuntu/gis
Premere «Invio» per continuare o Ctrl-c per annullare l'aggiunta.

Trovato:1 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
InRelease
Trovato:2 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease

Scaricamento di:3 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security
InRelease [109 kB]
Trovato:4 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease

Trovato:5 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease

Ignorato:6 http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal InRelease

Trovato:7 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease

Scaricamento di:8 http://ppa.launchpad.net/marutter/rrutter3.5/ubuntu focal
InRelease [17,5 kB]
Ignorato:9 http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal InRelease

Ignorato:10 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal InRelease
Trovato:11 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ubuntugis-unstable/ubuntu
focal InRelease
Ignorato:12 https://qgis.org/debian lsb_release InRelease
Errore:13 http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
Errore:14 http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
Errore:15 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
Trovato:16 https://qgis.org/debian focal InRelease
Errore:17 https://qgis.org/debian lsb_release Release
  404  Not Found [IP: 104.24.119.81 443]
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal
Release" non ha un file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal
Release" non ha un file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal
Release" non ha un file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
N: Acquisizione del file "main/binary-i386/Packages" saltata in quanto il
repository "https://qgis.org/debian focal InRelease" non supporta
l'architettura "i386"
E: Il repository "https://qgis.org/debian lsb_release Release" non ha un
file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.

Non sono riuscita a trovare nessuna soluzione al mio problema. Qulacuno può
aiutarmi?
Grazie,
Marta Galluzzi
--

PhD,
cell. 3200705505
skype marta.galluzzi1
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[stefano campus]

Inoltro risposta di Francesco P. Lovergine, stranamente trattenuta dal server
che gestisce la mailing list.

s.
___________________________________
From: "Francesco P. Lovergine" <[hidden email]>
To: marta galluzzi <[hidden email]>
Cc: [hidden email]
Bcc:
Date: Mon, 30 Nov 2020 14:49:13 +0100
Subject: Re: [Gfoss] Problemi installazione libreria rgdal ubuntu 20.04


Unbuntu 20.04 ha un package r-cran-rgdal disponibile, in universe.  Perché
non usi quello?

https://ubuntu.pkgs.org/20.04/ubuntu-universe-arm64/r-cran-rgdal_1.4-8-1build2_arm64.deb.htmlZZ


--
Sent from: http://gfoss-geographic-free-and-open-source-software-italian-mailing.3056002.n2.nabble.com/
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[marta galluzzi]

Grazie per la risposta.

Ho provato a fare come suggerito ma ottengo questi errori:

*$ sudo apt-get update*
[sudo] password di marta:
Trovato:1 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
Trovato:2 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease

Trovato:3 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease

Trovato:4 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease

Ignorato:5 http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal InRelease

Trovato:6 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease

Trovato:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
InRelease
Trovato:8 http://ppa.launchpad.net/marutter/rrutter3.5/ubuntu focal
InRelease
Ignorato:9 https://qgis.org/debian lsb_release InRelease
Ignorato:10 http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal InRelease
Trovato:11 https://qgis.org/debian focal InRelease
Ignorato:12 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal InRelease
Trovato:13 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ubuntugis-unstable/ubuntu
focal InRelease
Errore:14 https://qgis.org/debian lsb_release Release
  404  Not Found [IP: 104.24.118.81 443]
Errore:15 http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
Errore:16 http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
Errore:17 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
E: Il repository "https://qgis.org/debian lsb_release Release" non ha un
file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal
Release" non ha un file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal
Release" non ha un file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal
Release" non ha un file Release.
N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
e la configurazione utente.
N: Acquisizione del file "main/binary-i386/Packages" saltata in quanto il
repository "https://qgis.org/debian focal InRelease" non supporta
l'architettura "i386"

*$ sudo apt-get install r-cran-rgdal*
Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
Generazione albero delle dipendenze
Lettura informazioni sullo stato... Fatto
Alcuni pacchetti non possono essere installati. Questo può voler dire
che è stata richiesta una situazione impossibile oppure, se si sta
usando una distribuzione in sviluppo, che alcuni pacchetti richiesti
non sono ancora stati creati o sono stati rimossi da Incoming.
Le seguenti informazioni possono aiutare a risolvere la situazione:

I seguenti pacchetti hanno dipendenze non soddisfatte:
 r-cran-rgdal : Dipende: r-api-3.5
                Dipende: r-cran-sp (>= 1.1-0) ma non sta per essere
installato
E: Impossibile correggere i problemi, ci sono pacchetti danneggiati
bloccati.


Il giorno lun 30 nov 2020 alle ore 14:48 Francesco P. Lovergine <
[hidden email]> ha scritto:

> Unbuntu 20.04 ha un package r-cran-rgdal disponibile, in universe.  Perché
> non
> usi quello?
>
>
> https://ubuntu.pkgs.org/20.04/ubuntu-universe-arm64/r-cran-rgdal_1.4-8-1build2_arm64.deb.htmlZZ
>
> On Mon, Nov 30, 2020 at 02:12:21PM +0100, marta galluzzi wrote:
> >Salve,
> >
> >non sono molto esperta nell'uso di ubunto e sto cercando senza risultato
> di
> >installare al libreria rgdal in R. Ho formattato pochi giorni fa il mio PC
> >e installato Ubuntu 20.04.
> >Prima di installare il pacchetto in R ho installato i seguenti pacchetti
> >seguendo le indicazioni qui
> ><
> http://grasswiki.osgeo.org/wiki/Compile_and_Install_Ubuntu#Using_pre-compiled_dev_Packages_for_PROJ.4.2C_GEOS_and_GDAL
> >
> >riportate.
> >
>
> --
> Francesco P. Lovergine
>

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[Luca Delucchi]

On Tue, 1 Dec 2020 at 00:38, marta galluzzi <[hidden email]> wrote:
>
> Grazie per la risposta.
>

ciao Marta,

> Ho provato a fare come suggerito ma ottengo questi errori:
>
> *$ sudo apt-get update*
> [sudo] password di marta:
> Trovato:1 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
> Trovato:2 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease
>
> Trovato:3 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease
>
> Trovato:4 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease
>
> Ignorato:5 http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal InRelease
>
> Trovato:6 http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease
>
> Trovato:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
> InRelease
> Trovato:8 http://ppa.launchpad.net/marutter/rrutter3.5/ubuntu focal
> InRelease
> Ignorato:9 https://qgis.org/debian lsb_release InRelease
> Ignorato:10 http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal InRelease
> Trovato:11 https://qgis.org/debian focal InRelease
> Ignorato:12 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal InRelease
> Trovato:13 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ubuntugis-unstable/ubuntu
> focal InRelease
> Errore:14 https://qgis.org/debian lsb_release Release
>   404  Not Found [IP: 104.24.118.81 443]
> Errore:15 http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal Release
>   404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
> Errore:16 http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal Release
>   404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
> Errore:17 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal Release
>   404  Not Found [IP: 91.189.95.83 80]
> Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
> E: Il repository "https://qgis.org/debian lsb_release Release" non ha un
> file Release.
> N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
> sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
> N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
> e la configurazione utente.
> E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/imincik/gis/ubuntu focal
> Release" non ha un file Release.
> N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
> sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
> N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
> e la configurazione utente.
> E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/nextgis/ppa/ubuntu focal
> Release" non ha un file Release.
> N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
> sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
> N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
> e la configurazione utente.
> E: Il repository "http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ppa/ubuntu focal
> Release" non ha un file Release.
> N: L'aggiornamento da tale repository non può essere eseguito in modo
> sicuro ed è quindi disabilitato come impostazione predefinita.
> N: Consultare la pagina man apt-secure(8) per la creazione di un repository
> e la configurazione utente.
> N: Acquisizione del file "main/binary-i386/Packages" saltata in quanto il
> repository "https://qgis.org/debian focal InRelease" non supporta
> l'architettura "i386"
>
> *$ sudo apt-get install r-cran-rgdal*
> Lettura elenco dei pacchetti... Fatto
> Generazione albero delle dipendenze
> Lettura informazioni sullo stato... Fatto
> Alcuni pacchetti non possono essere installati. Questo può voler dire
> che è stata richiesta una situazione impossibile oppure, se si sta
> usando una distribuzione in sviluppo, che alcuni pacchetti richiesti
> non sono ancora stati creati o sono stati rimossi da Incoming.
> Le seguenti informazioni possono aiutare a risolvere la situazione:
>
> I seguenti pacchetti hanno dipendenze non soddisfatte:
>  r-cran-rgdal : Dipende: r-api-3.5
>                 Dipende: r-cran-sp (>= 1.1-0) ma non sta per essere
> installato
> E: Impossibile correggere i problemi, ci sono pacchetti danneggiati
> bloccati.
>

sudo apt-get install r-cran-rgdal r-cran-sp

dovrebbe risolvere il problema.

Vedo che hai aggiunto tanti repository esterni, stai attenta che
avendone tanti si possono creare problemi di dipendenze, cerca sempre
di utilizzarne il meno possibile

--
ciao
Luca

www.lucadelu.org
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[Francesco P. Lovergine]

Non era 'stranamente' trattenuta, ho usato l'indirizzo sbagliato per
rispondere, regole di mutt non troppo intelligenti alle volte, e pigrizia...

On Mon, Nov 30, 2020 at 08:30:13AM -0700, stefano campus wrote:

>Inoltro risposta di Francesco P. Lovergine, stranamente trattenuta dal server
>che gestisce la mailing list.
>
>s.
>___________________________________
>From: "Francesco P. Lovergine" <[hidden email]>
>To: marta galluzzi <[hidden email]>
>Cc: [hidden email]
>Bcc:
>Date: Mon, 30 Nov 2020 14:49:13 +0100
>Subject: Re: [Gfoss] Problemi installazione libreria rgdal ubuntu 20.04
>
>
>Unbuntu 20.04 ha un package r-cran-rgdal disponibile, in universe.  Perché
>non usi quello?
>
>https://ubuntu.pkgs.org/20.04/ubuntu-universe-arm64/r-cran-rgdal_1.4-8-1build2_arm64.deb.htmlZZ
>
>
>--
>Sent from: http://gfoss-geographic-free-and-open-source-software-italian-mailing.3056002.n2.nabble.com/
>_______________________________________________
>[hidden email]
>http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni dell'Associazione GFOSS.it.
>764 iscritti al 23/08/2019

--
Francesco P. Lovergine
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[hidden email]
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[stefano campus]

grazie della risposta.
il messaggio di mailman non mi sembrava specificasse "messaggio proveniente
da un non iscritto alla lista" e così ho pensato fosse un errore £strano,
dato che mailman a volte fa delle cose strane.

grazie ancora
s.

Il giorno mer 2 dic 2020 alle ore 15:56 Francesco P. Lovergine <
[hidden email]> ha scritto:

> Non era 'stranamente' trattenuta, ho usato l'indirizzo sbagliato per
> rispondere, regole di mutt non troppo intelligenti alle volte, e
> pigrizia...
>
> On Mon, Nov 30, 2020 at 08:30:13AM -0700, stefano campus wrote:
> >Inoltro risposta di Francesco P. Lovergine, stranamente trattenuta dal
> server
> >che gestisce la mailing list.
> >
> >s.
> >___________________________________
> >From: "Francesco P. Lovergine" <[hidden email]>
> >To: marta galluzzi <[hidden email]>
> >Cc: [hidden email]
> >Bcc:
> >Date: Mon, 30 Nov 2020 14:49:13 +0100
> >Subject: Re: [Gfoss] Problemi installazione libreria rgdal ubuntu 20.04
> >
> >
> >Unbuntu 20.04 ha un package r-cran-rgdal disponibile, in universe.  Perché
> >non usi quello?
> >
> >
> https://ubuntu.pkgs.org/20.04/ubuntu-universe-arm64/r-cran-rgdal_1.4-8-1build2_arm64.deb.htmlZZ
> >
> >
> >--
> >Sent from:
> http://gfoss-geographic-free-and-open-source-software-italian-mailing.3056002.n2.nabble.com/
> >_______________________________________________
> >[hidden email]
> >http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
> >Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
> >I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni
> dell'Associazione GFOSS.it.
> >764 iscritti al 23/08/2019
>
> --
> Francesco P. Lovergine
> _______________________________________________
> [hidden email]
> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni
> dell'Associazione GFOSS.it.
> 764 iscritti al 23/08/2019

_______________________________________________
[hidden email]
http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
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